Bogor

Didirikan pada tahun 18 Mei 1817 oleh pemerintah Hindia Belanda sehingga merupakan Kebun Raya tertua di Asia Tenggara. Kebun Raya Bogor merupakan salah satu kawasan konservasi ex-situ yang bertujuan untuk koleksi tumbuhan tropika dataran rendah basah dan menjadi ikon Kota Bogor

Cibodas

Didirikan pada tanggal 11 April 1852 oleh Johannes Ellias Teijsman, seorang curator Kebun Raya Bogor saat itu, dengan nama Bergtuin te Tjibodas (Kebun Pegunungan Cibodas). Pada awalnya sebagai tempat aklimatisasi jenis-jenis tumbuhan asal luar negeri yang memiliki nilai ekonomi yang tinggi, salah satunya pohon Kina (Cinchona Calisaya). Dengan ketinggian 1.200 – 1.345 MDPL, Kebun Raya Cibodas memiliki karakteristik sejuk dan kontur pegunungan.

Purwodadi

Didirikan pada tanggal 30 Januari 1941 oleh Dr. L.G.M, Baas Becking, Kebun Raya ini memiliki karakteristik sebagai Kebun dengan dataran rendah kering tugas dan fungsi mengkoleksi tumbuhan yang hidup di dataran rendah kering yang terletak diantara Surabaya & Malang, Jawa Timur.

Bali

Kebun Raya "Eka Karya" Bali terletak di Kabupaten Tabanan, Bali berjarak sekitar 60 km dari Denpasar. Kebun ini didirikan pada 15 Juli 1959 dan merupakan Kebun Raya pertama yang didirikan oleh putra bangsa Indonesia. Berada pada ketinggian 1.250–1.450 mdpl ini kini menjadi kawasan konservasi ex-situ bagi tumbuhan pegunungan tropika Kawasan Timur Indonesia. Luas kawasan Kebun Raya semula hanya 50 ha, tetapi saat ini luas kebun raya menjadi 157,5 ha.